Σε ανακοίνωσή της η Κομισιόν επισημαίνει ότι ζήτησε επισήμως από την ελληνική κυβέρνηση να τροποποιήσει τους κανόνες φορολογικών διακρίσεων για πλοία με αλλοδαπή σημαία. Σύμφωνα με το ελληνικό φορολογικό σύστημα τα πλοία με ελληνική σημαία εξαιρούνται από τον φόρο εισοδήματος και υπάγονται στον χαμηλότερο ειδικό φόρο με βάση τη χωρητικότητα.
Η ΕΕ τονίζει ότι τα πλοία με ξένη σημαία υπόκεινται σε καθεστώς φόρου εισοδήματος που είναι πιο επιβαρυντικό οικονομικά.
Επιπλέον, η ελληνική νομοθεσία επιτρέπει εξαίρεση φόρου εισοδήματος για μερίσματα από εταιρείες που διαχειρίζονται υπό ελληνική σημαία πλοία ενώ εξαιρούνται όσες διαχειρίζονται πλοία υπό ξένη σημαία.
Η Επιτροπή θεωρεί ότι η διάκριση στη φορολογική νομοθεσία αντίκεινται στους κανόνες της ΕΕ για την ελευθερία εγκατάστασης, την ελευθερία παροχής υπηρεσιών και την ελεύθερη κυκλοφορία κεφαλαίων. Το αίτημα της Επιτροπής λαμβάνει τη μορφή αιτιολογημένης γνώμης. Αν η Ελλάδα δεν συμμορφωθεί εντός δύο μηνών, η Επιτροπή μπορεί να παραπέμψει την υπόθεση στο Δικαστήριο της ΕΕ.
Παράγοντες ωστόσο του Υπουργείου Ναυτιλίας διευκρίνιζαν ότι η συγκεκριμένη υπόθεση ξεκίνησε από καταγγελία αλλοδαπού ο οποίος δραστηριοποιούνταν στη χώρα μας με σκάφη αναψυχής και φορολογήθηκε με βάση το εισόδημα που αποκόμισε από την εκμετάλλευση των πλοίων και όχι με βάση τη χωρητικότητα των πλοίων.